연구현황
중개유전체센터 연구 지원 분야
- 시퀀싱 활용 기술 개발 및 연구 지원
- 임상 연계 유전체 분석
- 시퀀싱 기반 유전체 데이터를 임상 정보와 통합 분석
- 임상의 및 연구자와의 공동연구를 기반으로, 유전체 분석 결과를 논문 및 특허 등의 성과로 연계
- 유전체 기반 바이오마커 발굴
- 질환 발병 및 진행 관련 신규 바이오마커 탐색
- 질환의 분자 특성 기반 진단 및 예후 예측 모델 구축
- 다중오믹스 데이터 생산 및 분석 지원
- 유전체, 전사체, 단일세포, 공간전사체 등 통합 분석
- 약물 치료 반응성 예측 및 치료 마커 분석 지원
- UK Biobank 등 공공 유전체 데이터를 활용한 GWAS 분석
- 유전체 분석 교육 및 연구역량 강화
- 기초 분석부터 실습까지 아우르는 교육 워크숍 운영
- 연구자가 직접 데이터를 해석할 수 있도록 실무 역량 지원
- 2세대 & 3세대 염기서열분석 지원
분석종류 3세대(Nanonpore) 시퀀싱 장점 DNA 반복서열(repeat), 구조변이(SV), 복잡한 유전체 영역 분석 가능 조립(assembly)이 용이해 de novo 분석에 유리 후생유전학적(methylation) 변형 동시 분석가능 PCR-free 분석 가능 RNA Full-length 전사체 분석 (isoform 단위 분석 가능) Alternative splicing 분석 Direct RNA 시퀀싱 -> post-transcriptional 변형 분석 가능(m6A)
- 임상 연계 유전체 분석
- 단일세포 유전체 분석 연구 지원
- 단일세포 오믹스 분석 플랫폼 운영: 대용량 단일세포 전사체 분석 시스템을 활용하여 다양한 질환의 단일세포 수준에서 분석
- 치료 및 예후 예측을 위한 바이오마커 개발: 고품질 대용량 전사체 시퀀싱 데이터를 활용하여 질환의 발생, 진행 및 치료의 예후 예측을 위한 바이오마커, 신규 치료 타겟 발굴
- 다중오믹스 기반 단일세포 분석: 유전체/전사체/후성유전체/단백질체 변화의 통합을 통한 초정밀 유전체분석 시스템 구축 및 운영
- 메타지놈 분석 연구 지원
- 마이크로바이옴 및 미생물 대사체 분석을 위한 플랫폼 구축
- 마이크로바이옴과 다양한 질환과의 연관성 및 약물치료 반응성 연구 지원
- 시퀀싱 분석 지원 항목
염기서열분석기기 지원 항목 시약 및 참고사항 Illumina(NextSeq2000,Miseq) WES (Whole Exome Sequencing) Agilent Technologies, Twist Bioscience WTS (Whole Transcriptome sequencing) Illumina (Truseq , Access) CancerSCAN Targeted seq (암질환관련 377개 유전자) CHIP(Clonal hematopoiesis of indeterminate potential) Seq Targeted seq (CHIP관련 168개 유전자) Bulk TCR (T cell receptor)_RNA seq Takara Bio Single cell 10x Genomics_ Expression/TCR/BCR Oxford Nanopore(PromethION 24) WGS (Whole Genome Sequencing) SVs, Methylation (5mC, 5hmC, 6mA) WTS (Whole Transcriptome Sequenicing) Isoform, Splicing, Fusion Direct RNA Isoform, Splicing, Fusion, Methylation (6mA) Single cell Isoform, Splicing, Fusion - 주요 장비
